Система для проведения микроматричного анализа GeneChip Scanner 3000 7G System, Thermo FS

Сканер GeneChip™ 3000 7G предназначен для проведения хромосомного микроматричного (ХМА) анализа, позволяющего проанализировать структуру всего генома в одном исследовании используя SNP-однонуклеотидные матрицы.

Области применения:

• хромосомный микроматричный анализ позволяет обнаружить:
• вариации числа копий ДНК (CNV) всего генома, включая:
• микроделеции/микродупликации размером от 1 тыс. п.н. до млн. п.н (и точное определение их генного состава);
• анеуплоидии;
• несбалансированные транслокации;
• точное определение точек разрыва;
• мозаицизм;
• нарушение плоидности;
• участки потери гетерозиготности (LoH), включая копий-нейтральные участки потери гетерозиготности (cnLoH);
• хромотрипсис;
• определить точечные полиморфизмы (SNP);
• выявить частые мутации в генах;
• определить видовую принадлежность ДНК;
• провести анализ экспрессии генов.

Применения в клинической практике:

• в пренатальной диагностике для поиска хромосомной патологии плода;
• в постанальной диагностике для детей со множественными пороками развития, задержкой развития, аутизмом;
• для анализа постабортного материала для установления причины потери беременности;
• в онкологии для исследования опухолевых клеток.

Применения в агрогенетике:

• идентификация и паспортизизация сорта и породы сельскохозяйственных растений и животных;
• ДНК-скрининг селекционных маркеров при скрещивании и выявлении наследуемых патологий.

Принцип работы:

Для проведения хромосомного микроматричного анализа используется твердый носитель небольшого размера (микроматрица) из стекла или кремния. В определенном порядке к нему прикреплены короткие олигонуклеотиды (8-80 нп) или фрагменты ДНК/РНК (более 100 нп).

Матрицы, используемые для хромосомного микроматричного анализа, содержат до 2,7 млн. специфических олигонуклеотидов. Благодаря этому получают информацию о наличии генетического материала в аналогичном количестве точек генома. За счет высокой плотности маркеров можно определить минимальные потери/увеличение генетического материала всех регионов генома.

Задавая нужную последовательность ДНК-зондов, можно конструировать чипы для выявления практически любых последовательностей ДНК, определения точечных полиморфизмов (SNP), анализа копийности любых участков генома (CNV), определения видовой принадлежности ДНК, а также анализа экспрессии генов.



Комплектация:

Система GeneChip™ Scanner 3000 7G System включает в себя:

• сканер GeneChip Scanner 3000 7G;
• промывочные станции Fluidics Station 450;
• гибридизационную печь Hybridization Oven 645.

Рабочий процесс, проводимый системой GeneChip™ Scanner 3000 7G System, включает в себя амплификацию ДНК, далее фрагментацию и гибридизацию ДНК, затем лигирование, отмывку и визуализацию.

Эту систему можно приобрести с или без мощной компьютерной рабочей станции с четырехъядерными Xeon процессорами, сервера Affymetrix GeneChip Command Console (AGCC) и GeneChip AutoLoader.

Анализ полученных данных осуществляется с помощью бесплатных и постоянно обновляемых программ:

• Chromosome Analysis Suite (ChAS): для анализа числа копий;
• Multi-Sample Viewer (MSV): для анализа числа копий и соматических мутаций у большого количесва образцов одновренменно;
• Somatic Mutation Viewer 1.1, для соматичесих мутаций;
• Nexus Express Software для анализа числа копий и соматических мутаций.

Особенности прибора:

• компактный размер для лучшего использования пространства;
• сканирование с более высоким разрешением от 0,51 до 2,5 мкм пикселизации, автоматически выбираемые по типу микроматрицы;
• оптимальная однородность изображения и эффективность сбора всей области сканирования благодаря запатентованной технологии Applied Biosystems™ Flying Objective™;
• отсутствие дрейфа лазера и снижение вариабельности от сканера к сканеру;
• автоматическая регулировка коррекции остаточной дуги и x-линейности;
• совместимость с автозагрузчиком GeneChip Autoloader для самостоятельного сканирования до 48 микроматриц одновременно.

Технические характеристики системы:

• время сканирования: 5-45 минут на один картридж в зависимости от типа микроматрицы;
• габариты, Г × В × Ш, см: 33 x 56 x 58 см, дополнительно 20 см к высоте для GeneChip AutoLoader;
• вес: 31,8 кг, 47,6 кг с GeneChip AutoLoader;
• питание: Напряжение: 100–240 В, ток: 2–4 А, частота: 50–60 Гц;
• связь с ПК: Dell™ Precision T5600XL Workstation;
• процессор: Intel™ Xeon™ Processor E5-2620;
• память: 8.0 GB;
• жесткий диск: Dual 900 GB;
• ОС: Microsoft™ Windows™ 7 Professional 64-bit;
• контроллер сетевого интерфейса: Разрабатан с предустановленными и специализированными платами для контроля GeneChip Scanner или Applied Biosystems™ GeneChip™ Fluidics Station;
• DVD: 8x max DVD-R drive and 16x max DVD-RW drive;
• видео монитор: 20 in. flat-screen LCD monitor.